清光绪二十五年(1899年),公共租界向西扩张至静安寺,租界当局迫令静安寺迁移历代祖师坟墓,并因筑路而拆除寺内大雄宝殿西侧房屋。光绪三十年(1904年)在上海南翔建“静安南翔塔院”一座,将静安寺历代祖师灵骨迁葬该院,并建祖师祠,供历代祖师牌位。塔院旁建有僧舍,派专人管理。直到民国年间,尚有七十三间房屋,土地六十四亩。
1983年,静安寺被国务院列为全国汉族地区佛教重点寺院之一。